A esfera do satélite era formada por camadas alternadas de alumínio e mylar. Sobre a camada externa, de alumínio, havia círculos brancos de 5,1 cm de diâmetro para o controle térmico. O Explorer 39 fez dois tipos de experimentos de densidade, implicando um deles o estudo sistemático da variação da densidade e o outro aplicado a variações não sistemáticas. As densidades derivavam-se do acompanhamento do satélite através de uma baliza a bordo que emitia a 136,620 MHz de frequência e por meios óticos. A baliza deixou de emitir em junho de 1971.[2][1]
