1985-1987; 1989-1990; 1992-1997: Vigário Paroquial da Paróquia São Roque – São José do Rio Pardo/-SP
1990-1992: Pároco da Paróquia Cristo Redentor: São José do Rio Pardo/SP
1997-2001: Pároco da Paróquia São Roque – São José do Rio Pardo/SP
1991: Presbítero de equipes de Catequistas do Caminho Neocatecumenal na diocese de São João da Boa Vista
1986-1987; 1989-1993: Capelão do Hospital S. Vicente – S. J. Rio Pardo/SP
1995-2001; 2004-2007: Membro do Conselho de Presbíteros da diocese de S.J.Boa Vista
1999: Acompanhamento espiritual aos grupos de reflexão sobre a Econo- mia de Comunhão e Movimento Político pela Unidade, do Movimento dos Focolares, em são José do Rio Pardo.
2001: Acompanhamento espiritual das Comunidades da Pastoral Familiar da Paróquia Nossa Senhor das Graças – Vila Nova Cachoeirnha – São Paulo/ SP (residência dependente do Mosteiro São Bernardo)
1998-2007: Membro do Colégio de Consultores da Diocese de São João da Boa Vista
1989: Professor de História da Filosofia Antiga e Medieval no Instituto de Filosofia “Coração de Maria”, em São João da Boa Vista
1992-1998: Professor de Espiritualidade no Curso Propedêutico da diocese de São João da Boa Vista, em Caconde/SP
1992-2001: Professor de Patrologia no Instituto de Teologia “Coração de Maria” em São João da Boa Vista
1995-1997: Diretor de Estudos filosóficos e teológicos do Seminário Maior Coração de Maria, São João da Boa Vista
2004: Professor de Patrologia no Instituto Teológico Santa Clara de Assis, da comunidade Missionária Providência Santíssima, diocese de São João da Boa Vista, Mococa/SP.
Atividades no Mosteiro de Nossa Senhora de São Bernardo
Dom Edmilson também exerceu inúmeras atividades no Mosteiro de Nossa Senhora de São Bernardo, como [1]:
1989-1993: Mestre dos professos temporários;
1990-1993; 1995-1996; 2001 : Mestre de noviços;
1990-1993; dez/1996-março/1997: Prior do Mosteiro;
1995-1996: diretor dos oblatos seculares;
1999-2006: Presidente da CIMBRA (Conferência de Intercâmbio Monástico do Brasil)
2005: Membro do Conselho do Abade Presidente da Congregação de São Bernardo da Itália, Ordem Cisterciense.
Em 1997, Dom Edmilson foi eleito abade da Abadia de Nossa Senhora de São Bernardo em São José do Rio Pardo,[2]sucedendo Dom Orani João Tempesta, que deixou o múnus abacial para ser Bispo de São José do Rio Preto e, posteriormente, Arcebispo de Belém do Pará e do Rio de Janeiro. Permaneceu como Abade até 2008, quando foi eleito Bispo de Barretos.