Na Eurásia, o cruzamento dos humanos modernos com neandertais e denisovanos ocorreu várias vezes. Estima-se que os eventos de introgressão nos humanos modernos tenham acontecido entre 47 e 65 mil anos atrás com os neandertais e entre 44 e 54 mil anos atrás com os denisovanos.
O DNA neandertal foi encontrado nos genomas da maioria ou possivelmente de todas as populações contemporâneas, variando visivelmente por região. É responsável por 1 a 4% dos genomas modernos de pessoas fora da África e 0,3% dos genomas de africanos.[3][4] A genética neandertal é mais alta nos asiáticos orientais, intermediária nos europeus e mais baixa nos asiáticos do sudeste. De acordo com algumas pesquisas, também é menor nos melanésios em comparação com os asiáticos e os europeus.[5] No entanto, outras pesquisas encontram maior mistura de neandertais em melanésios, bem como em ameríndios, do que em europeus, embora não mais elevada do que em asiáticos orientais.[6]
Na África, foram encontrados alelos arcaicos consistentes com vários eventos de mistura independentes no subcontinente. Atualmente, não se sabe quem eram esses hominídeos africanos arcaicos.[5]
Em 2019, cientistas descobriram evidências, baseadas em estudos genéticos utilizando inteligência artificial, que sugerem a existência de uma espécie humana ancestral desconhecida, que não os neandertais ou denisovanos, no genoma dos humanos modernos.[9][10][11]