Este convento foi fundado no início do século XVI e desde então passou por muitas vicissitudes, entre as quais o facto de ter sido incendiado por corsáriosingleses em 1597. Após este acto bárbaro foi reconstruído, mas ficou muito danificado com um temporal em 1668, pelo que a comunidade decidiu construir uma novo edifício, em local mais recuado em relação ao mar.
Na noite de 4 de Maio de 1899 um violento incêndio destruiu por completo o então hospital e asilo, tendo-se salvado apenas a igreja, a muito custo.[1]
Foi na sequência deste incêndio que se construiu o Hospital Walter Bensaude. No local do convento foi edificado um novo edifício, a partir de 1901, onde está hoje instalado o Lar de São Francisco, da SCMH.
