Fundado em 21 de abril de 1945, tem como símbolo um bode. Passou ao profissional no ano de 1950 e seu estádio é o Deusdeth Melo.
Foram seus fundadores, dentre outros: Antônio Rufino de Sousa, José Neiva e Pedro Mesquita, que foram, respectivamente, os três primeiros presidentes da agremiação. Foi campeão estadual em 2010 e vice-campeão em 2011.
Também em 2011, estreou em competições nacionais ao disputar a Copa do Brasil e Série D de 2011. Apesar de ter sido eliminado na 1ª fase da Copa do Brasil de 2011, conseguiu o jogo de volta em São Paulo contra o Palmeiras e com isso garantiu a renda do time para o resto do ano. O massagista do clube, Daniel Araújo (conhecido por Bomba), foi também destaque ao dar cambalhotas enquanto atendia os jogadores lesionados[3]. O Comercial participou também da edição de 2012, quando foi eliminado pelo Fortaleza, da Taça Reinaldo Ferreira e da Série D.
O clube participou ainda de 6 edições da Segunda Divisão estadual, sendo campeão em 2004 e 2022. Para a temporada 2023, formalizou uma parceria com a empresa gaúcha JK Sports[4], anunciando também a contratação do técnico José Carlos Amaral para comandar o Bode em sua volta à Primeira Divisão após 11 anos de ausência[5]. Porém, a passagem do treinador durou apenas 5 jogos, e ele deixou o cargo após a partida contra o Altos, juntamente com 4 jogadores (o goleiro Gustavo, o meia Batatinha e os atacantes Roger e Feijão)[6]. Para substituir Amaral, foi contratado Koosha Delshad[7], que comandou a equipe em apenas um jogo, contra o River. Após sofrer ofensas da torcida (que o chamou de "terrorista" e acusou de querer colocar uma bomba no gramado), o iraniano anunciou sua saída do Comercial[8], que repudiou a atitude e encerrou a parceria com a JK Sports[9].