O CEMA é coadjuvado pelo Vice-Chefe do Estado-Maior da Armada (VCEMA) que exerce a função de 2º comandante da Marinha. O VCEMA é um vice-almirante hierarquicamente superior a todos os restantes vice-almirantes em serviço na Marinha. Cabe também ao VCEMA dirigir o Estado-Maior da Armada, sendo, nessa função, coadjuvado pelo Subchefe do Estado-Maior da Armada (SUBCEMA), que é um contra-almirante.
Competências do CEMA
Como comandante da Marinha, o CEMA é o principal colaborador do ministro da Defesa Nacional e do Chefe do Estado-Maior General das Forças Armadas (CEMGFA) no que diz respeito à Marinha, participa nos orgãos de conselho das Forças Armadas, integra a estrutura de comando operacional das Forças Armadas - em situações não decorrentes da guerra - como comandante subordinado ao CEMGFA, é responsável pelo cumprimento das missões específicas da Marinha e compete-lhe definir a organização interna das unidades, estabelecimentos e orgãos da Marinha.
Como Autoridade Marítima Nacional, o CEMA é a entidade responsável pela coordenação das ações, de âmbito nacional, a executar pela Marinha e pela Direção-Geral de Autoridade Marítima na área de jurisdição e no quadro do Sistema de Autoridade Marítima.
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