Os Campeonatos da Estónia de Ciclismo Contrarrelógio são organizados anualmente para determinar o campeão ciclista da Estónia de cada ano, na modalidade.
O título é outorgado ao vencedor de uma única prova, na modalidade de contrarrelógio individual. O vencedor obtêm o direito de usar a maillot com as cores da bandeira da Estónia até ao campeonato do ano seguinte, unicamente quando disputa provas contrarrelógio.
O corredor mais laureado é Jaan Kirsipuu, com nove vitórias.
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