Fundada entre os séculos III e IV, Santi Bonifacio e Alessio foi reformada em 1216 pelo papa Honório III (algumas colunas do edifício original podem ser vistas na abside do atual edifício), em 1582, na década de 1750 por Tommaso De Marchis (seu altar-mor sobreviveu) e finalmente entre 1852 e 1860. A fachada seiscentista é da época de De Marchis e o campanário é românico.
No interior, no lado sul da nave (lado direito a partir da entrada) está o monumento funerário de Eleonora Boncompagni Borguese (1693), projetado por Giovan Contini Batiste, e, no braço direito do transepto, na Capela de Carlos IV da Espanha, está um ícone da Assunção (Madonna di Sant’ Alessio, Madonna dell' Intercessione) do século XII que se acredita, tradicionalmente, ter sido trazido do oriente pelo próprio Santo Aleixo. A igreja abriga ainda a lápide de Pedro Savelli (a família do papa Honório) e o túmulo do cardealGiovanni Vincenzo Gonzaga.