Shishakli foi deposto por um golpe militar em 1954 e fugiu para o Líbano. Após sofrer ameaças de morte por líderes drusos, fugiu para o Brasil.[2]
Em 27 de setembro de 1964, Shishakli foi assassinado em Ceres (Goiás) por Nawaf Gazhaleh, um druso sírio que buscava vingança por seus pais que morreram durante os bombardeios da região autônoma drusa à mando de Shishakli, Ghazaleh se aproximou de Shishkhali enquanto atravessava uma ponte entre as cidades de Ceres e Rialma, e trocou algumas palavras com ele antes de atirar nele cinco vezes com uma pistola.[3]