A origem da freguesia de Águas Santas é anterior à formação da nacionalidade, havendo mesmo vestígios que asseguram a sua existência já no século VI. No entanto, o documento mais antigo que se conhece data de 1405 e consta dos registos relativos ao ano 1120 uma referência a Sancta Marya Aquis Sanctis, num foral de doação da cidade do Porto ao Bispo D. Hugo.
Conta a lenda que a madre superiora de um convento, ao saber da aproximação dos romanos, escondeu a imagem da Virgem Maria junto de uma fonte, ao desembrulhá-lo e ver a imagem de Nossa Senhora chorando. O povo, ao saber da notícia, chamou-lhe Fonte de Águas Santas. Mais tarde foi construída perto da fonte, a Igreja do Mosteiro de Águas Santas. Esta seria, então, a história do nome da freguesia.
Foi uma importante comenda da Ordem do Hospital de S. João de Jerusalém, de Rodes e de Malta, ou, simplesmente, Ordem de Malta, como é hoje mais conhecida. Razão pela qual o brasão autárquico ostenta a cruz da Ordem de Malta[4].
A sede da freguesia, a povoação de Águas Santas, foi elevada à categoria de vila no ano de 1986.[5]
Águas Santas destaca-se pelo seu riquíssimo património histórico, arqueológico e artístico. Tem no seu Mosteiro uma das maiores riquezas patrimoniais. A sua desconcertante arquitectura deve-se às múltiplas reformas que foi sofrendo ao longo dos tempos. Uma escultura em bronze de autoria de Soares dos Reis (1874) embeleza uma sepultura no cemitério local.
