Początki zboru sięgają roku 1928, kiedy część baptystów odłączyła się od swego zboru i założyła nowy zbór o charakterze zielonoświątkowym. Na łamach baptystycznego pisma „Słowo Prawdy” podawano dwie wersje na temat powstania zboru zielonoświątkowego w Hajnówce. Według jednej z nich odpowiedzialnym był przybyły z Polesia Bondarenko[2]. Według drugiej wersji przybyły z Białowieży w sierpniu 1928 r. Iłarion Sirowoj[3] (później wrócił do baptystów). Prawdopodobnie obaj się do tego przyczynili, jakkolwiek nie sposób ustalić, który z nich odegrał większą rolę. Pierwszym przewodniczącym zboru był Kryształowicz z Grodna[4]. W 1929 roku do zielonoświątkowców przeszedł przewodniczący zboru baptystycznego Grzegorz Łuszczak[3][a]. W 1935 roku na krótko przybył do Hajnówki Jakub Sielużycki, absolwent instytutu w Gdańsku[5].
W latach 1941–1944 podczas okupacji niemieckiej działalność zboru została ograniczona, wierni pod naciskiem władz okupacyjnych musieli przystąpić do zboru baptystycznego[4].
Lata powojenne
Po wojnie wraz z Grzegorzem Ziemcowem, dotychczasowym przewodniczącym zboru baptystów, ponownie założono własny zbór[6]. W 1949 roku Ziemcow został wyłączony za propagowanie potrzeby umywania nóg podczas Wieczerzy Pańskiej[7].
W 1946 roku przybył Jakub Sielużycki, repatriant z BSRR, kilkakrotnie wtrącany do aresztu na Białorusi i w Polsce. W Polsce po raz drugi został aresztowany w sierpniu 1948 roku. Po raz trzeci został aresztowany we wrześniu 1950 roku i skazany na więzienie. W więzieniu przesiedział ponad rok i doznał trwałej utraty zdrowia. Po wyjściu na wolność kilkakrotnie zabiegał o wyjazd do Szwecji. Pozwolono mu wyjechać w 1957 roku[5][8]. Po wyjeździe Sielużyckiego w zborze były problemy z przywództwem aż do roku 1983, kiedy zastępcą pastora został Jerzy Szpilko (od 1984 pastor).
W latach 1947–1948 pracowała w Hajnówce Siri Andersson-Palmestav. Udzielała ona pomoc charytatywną dla ubogich, z ramienia Szwedzkiego Czerwonego Krzyża, a ponadto wspierała miejscowy zbór[9].
W 1964 roku zbór został placówką zboru w Nowosadach[11], w 1970 roku ponownie się uniezależnił.
Według danych służby bezpieczeństwa w 1981 roku zbór liczył 92 wiernych[12].
Budowa kaplicy i dalsza historia
Zbór długo nie posiadał własnej kaplicy, a jej budowa napotykała na trudności, wynikające w dużym stopniu z utrudnień ze strony władz państwowej, a także ze względu na brak funduszy przez Kościół. Budowę kaplicy rozpoczęto w czerwcu 1976 roku, ale wkrótce przerwano. W grudniu 1980 roku ponownie rozpoczęto budowę kaplicy[13]. Otwarcie kaplicy nastąpiło 7 października 1984 roku[14].
W latach 80. nastąpił znaczący rozwój liczebny zboru, w 1990 roku dwie placówki zboru przekształciły się w niezależne zbory: w Bielsku Podlaskim i Białymstoku. W 1988 roku powstał w Hajnówce inny zbór o charakterze zielonoświątkowym należący do Kościoła Bożego w Chrystusie.
W 1993 roku wraz ze zborem baptystycznym i zborem Kościoła Bożego w Chrystusie uczestniczył w ewangelizacji satelitarnej Billy’ego Grahama, przeprowadzanej z Essen dla całej Europy (ProChrist). Spotkanie odbyło się w „Domu Górnika”.
Na koniec 2010 roku zbór skupiał 205 wiernych, w tym 145 ochrzczonych członków[15].
W latach 1984–2023 pastorem był Jerzy Szpilko[16].
Leszek Jańczuk: Chrześcijanie Wiary Ewangelicznej na Białostocczyźnie (1928-1988). Ostrołęka – Warszawa: Ostrołęckie Towarzystwo Naukowe, 2024. ISBN 978-83-62775-71-2.
Leszek Jańczuk. Chrześcijanie Wiary Ewangelicznej na Podlasiu w latach 1928-1953. „Studia Theologica Pentecostalia”. 1, s. 95-148, 2013. WSTS. ISSN2300-729X.
Jan Mackiewicz. 50 lat zboru w Hajnówce. „Słowo Prawdy”. Nr. 3, s. 27-28, marzec 1978.
Irena Martyniuk. Osiemdziesięciolecie Zboru zielonoświątkowego w Hajnówce. „Chrześcijanin”. 07-08, s. 29-30, 2008.
Jan Mironczuk: Polityka państwa wobec Zjednoczonego Kościoła Ewangelicznego w Polsce (1947-1989). Warszawa: Wydawnictwo Naukowe Semper, 2006. ISBN 83-89100-95-9.
Я. Селюжицкий. Мое свидетельство. „Христианский вестник”. No 282, s. 9-12, 1964.