W 1972 roku założono klub Yokohama Marinos, który był zakładową drużyną korporacji Nissan Motors. W 1999 roku doszło do fuzji zespołu Marinos z innym klubem z Jokohamy, Yokohama Flügels. Nazwa Marinos wywodzi się z języka hiszpańskiego i w przekładzie na język polski oznacza marynarzy.
Tuż po utworzeniu, drużyna grała jako Nissan FC w Japońskiej Lidze Piłkarskiej. Nawiązano wówczas kontakt ze szkołami wyższymi oraz uniwersytetami w mieście i utworzono drużyny juniorskie, aby móc w przyszłości ściągać z nich wychowanków do pierwszej drużyny. Gdy trenerem drużyny został pierwszy profesjonalny szkoleniowiec w Japonii Kamo Shu, Nissan FC zdobył w 1988 i 1989 roku dwa mistrzostwa kraju, a także Puchar Cesarza i JSL Cup, czyli trzy najważniejsze trofea w kraju.
W 1991 roku Yokohama Marinos była jednym z założycieli J-League. Domowe mecze drużyna rozgrywa na stadionie Nissan, a czasami na mniejszym Mitsusawa Ballpark. Natomiast treningi zawodnicy odbywają na Tozuka Training Center oraz Kozukue Stadium.