Klub został założony 14 kwietnia 1912 przez trzech entuzjastów sportu z Santosu. Największe triumfy drużyna święciła w latach 60. XX wieku, gdy grał w niej Pelé. Zdobył wówczas sześć tytułów mistrzowskich, a także dwa razy Copa Libertadores. Po zakończeniu kariery przez Pelégo klub podupadł. Sytuacja zmieniła się, gdy przejął go Marcelo Teixera, który całkowicie zmienił zarządzanie organizacją, zatrudnił młodych graczy, a także zainwestował w infrastrukturę. Od tego czasu zespół dwa razy zdobył mistrzostwo. W 2013 r. przeprowadzono rekordowy transfer wychodzący – za 86,2 mln euro do FC Barcelony sprzedano Neymara. W 2023 r. drużyna zakończyła rozgrywki na 17. miejscu i po raz pierwszy w historii spadła do Campeonato Brasileiro Série B (II ligi brazylijskiej).
