Rozgrywki toczyły się w pięciu grupach: Nord (Północ), Nordost (Północny Wschód), West (Zachód), Südwest (Południowy Zachód) oraz Bayern (Bawaria) i występowało w nich łącznie 93 drużyny. Po zakończeniu sezonu mistrzowie każdej grupy oraz wicemistrz grupy "Südwest" grali w barażu o trzy miejsca premiowane awansem do 3. Ligi, zaś najsłabsze drużyny z każdej grupy spadały do Oberligi.
Nord (Północ)
Drużyny
W Regionallidze w grupie północnej w sezonie 2012/13 występowało 18 drużyn.
FC Oberneuland spadł do Landesligi 2013/14 (nie otrzymał licencji na grę w Oberlidze 2013/14 i w następnym sezonie będzie występował w Landeslidze Bremen – szósty poziom rozgrywek), gdzie zajmie miejsce drużyny rezerw.
Za wykroczenia licencyjne SV Wilhelmshaven został ukarany 6. punktami ujemnymi.
VfB Lübeck (1 stycznia 2013) oraz FC Oberneuland (16 maja 2013) - w klubach ogłoszenie postępowania upadłościowego, a wyniki ich dotychczas rozegranych meczów zostały anulowane.
Nordost (Północny Wschód)
Drużyny
W Regionallidze w grupie północno-wschodniej w sezonie 2012/13 występowało 16 drużyn.
Hansa Rostock II (mistrz OL Nordost-Nord) nie otrzymała licencji na grę w Regionallidze Nordost i w sezonie 2012/13 będzie występowała w Oberlidze Nordost-Nord.
Rot-Weiss Erfurt II (3 miejsce OL Nordost-Süd) oraz FC Carl Zeiss Jena II (5 miejsce OL Nordost-Süd) nie otrzymały licencji na grę w Regionallidze Nordost i w sezonie 2012/13 będą nadal występowały w Oberlidze Nordost-Süd, a Dynamo Dresden II (4 miejsce OL Nordost-Süd) zrezygnowało z awansu do Regionalligi Nordost przed rozpoczęciem rozgrywek, dzięki czemu 1. FC Lokomotive Leipzig awansował do Regionalligi.
Sportfreunde Lotte przegrał swoje mecze barażowe i pozostał w Regionallidze 2013/14.
FC Kray, MSV Duisburg II, SV Bergisch Gladbach 09 i VfB Hüls spadły do Oberligi 2013/14.
Wuppertaler SV Borussia spadł do Oberligi 2013/14 (nie otrzymał licencji na grę w Regionallidze West w sezonie 2013/14 i w następnym sezonie będzie występował w Oberlidze Niederrhein jako Wuppertaler SV), dzięki czemu 1. FC Köln II utrzymał się w Regionallidze.
Südwest (Południowy Zachód)
Drużyny
W Regionallidze w grupie południowo-zachodniej w sezonie 2012/13 występowało 19 drużyn.