Rozgrywki toczyły się w trzech grupach: Nord (Północ), West (Zachód) oraz Süd (Południe) i występowało w nich łącznie 55 drużyn. Po zakończeniu sezonu mistrzowie każdej grupy awansowali bezpośrednio do 3. Ligi, zaś nikt nie spadał do Oberligi, ponieważ po zakończeniu rozgrywek zostały dodane 2 nowe grupy: Nordost (Północny Wschód) i Bayern (Bawaria).
Nord (Północ)
Drużyny
W Regionallidze w grupie północnej w sezonie 2011/12 występowało 18 drużyn.
Torgelower SV Greif (mistrz Oberligi Nordost-Nord) oraz Hansa Rostock II (wicemistrz) zrezygnowali z awansu do Regionalligi Nord przed rozpoczęciem rozgrywek, dzięki czemu Berliner AK 07 awansował do Regionalligi.
TSV Germania Windeck (wicemistrz NRW-Ligi) zrezygnowała z awansu do Regionalligi West przed rozpoczęciem rozgrywek, dzięki czemu SC Fortuna Köln awansowała do Regionalligi.
FC Ismaning (mistrz Bayernligi) nie otrzymał licencji na grę w Regionallidze Süd i w sezonie 2011/12 będzie nadal występował w Bayernlidze, dzięki czemu FC Ingolstadt 04 II awansował do Regionalligi.
Karlsruher SC II spadł do Oberligi 2012/13 (nie otrzymał licencji na grę w Regionallidze w sezonie 2012/13 i w następnym sezonie będzie występował w Oberlidze Baden-Württemberg, ponieważ 1. drużyna spadła z 2. Bundesligi do 3. Ligi, a w sezonie 2012/13 pomiędzy 1. a 2. drużyną każdego klubu musi być przynajmniej 2 poziomy różnicy.