Osiedle położone jest w północnej części kanionu Chaco, u podnóża 30-metrowego klifu[2]. W 1941 roku część klifu oderwała się, niszcząc północno-wschodnią część stanowiska[1][2]. Pueblo Bonito funkcjonowało w okresie między 850 a 1150 rokiem[3] i w okresie swojego istnienia przechodziło wielokrotne przebudowy[2][3]. Zbudowane na półkolistym planie, zajmowało obszar o powierzchni 1,2 hektara. Składało się z od 650 do 800 komnat i 38 okrągłych kiw, z których największa miała średnicę 20 metrów[3]. Komnaty miały rozmiary od 8,1 do 13,5 m²[2]. Pomieszczenia i mury Pueblo Bonito wykonano z obrobionych kamieni łączonych glinianą zaprawą, zaś do konstrukcji dachów używano importowanego drewna. Do wnętrza budynków wchodzono drabiną przez otwór w dachu[3]. W okresie największego rozkwitu osada liczyła około 1200 mieszkańców[3].
