Syn matematyka i astronoma Petera Apianusa. W wieku 11 lat zaczął naukę matematyki na Uniwersytecie w Ingolstadt. Od osiemnastego roku życia kontynuował studia we Francji.
Po powrocie do Niemiec w 1552 został profesorem. Na polecenie księcia bawarskiego Albrechta III w latach 1554–1563 stworzył mapę Bawarii. Przez 14 lat wykładał na Uniwersytecie w Tybindze, aż w końcu w 1583 usunięto go ze stanowiska, gdyż odmówił zanegowania kalwinizmu.