10 marca 2010 roku – Podczas awaryjnego lądowania na lotnisku Frankfurcie przednie podwozie Airbusa A319 obsługującego lot Pegagus Airlines 361 przez linię Izair zapaliło się. Samolot bezpiecznie wylądował, lecz pas startowy zamknięto na trzy godziny[4]. Incydent był podobny do wypadku lotu JetBlue Airways 292.
13 stycznia 2018 roku – Rejs Pegasus Airlines 8622 obsługiwany przez Boeinga 737-800 podczas lądowania w Trabzon w Turcji wyjechał poza pas i zsunął się z urwiska. Chociaż nikomu nic się nie stało, silniki i brzuch samolotu zostały zniszczone[5].
5 lutego 2020 roku – Samolot Boeing 737-800 obsługujący rejs Pegasus Airlines 2193 rozbił się na lotnisku w Stambule. Podczas lądowania samolot wypadł z pasa startowego i rozpadł się na kilka części. W wypadku zginęły 3 osoby[6].