Najstarsza pisana wzmianka o Pacynie pochodzi z 1430 r. i znajduje się w Archiwum Archidiecezjalnym w Poznaniu. Pacyna w XVI w. była miastem. Prawa miejskie uzyskała 6 marca 1509 r. W 1519 r. miasto zniszczył pożar.
W wyniku II rozbioru Polski Pacyna w 1792 r. znalazła się pod panowaniem pruskim. Zgodnie z nowym podziałem administracyjnym była położona w prowincji Prus Południowych w departamencie warszawskim.
W listopadzie 1806 r. na ziemie powiatu gostynińskiego wkroczyły wojska napoleońskie. Po utworzeniu Księstwa Warszawskiego i kolejnych zmianach administracyjnych prefektem powiatu gostynińskiego został Teodor Dembowski - właściciel dóbr Pacyna. Po klęsce Napoleona w 1813 r. ziemie, na których znajdowała się Pacyna, zostały zajęte przez Rosjan.
Pacyna znalazła się w granicach utworzonego w 1815 r. Królestwa Polskiego. W 1825 r. miejscowość liczyła 341 mieszkańców, zaś w roku 1885 Pacynę zamieszkiwały 462 osoby. W 1873 roku dobra Pacyny składały się z folwarków: Model, Kamionka, Lękowiec oraz wsi Pacyna. Siedzibą dóbr była Pacyna. W skład majątku wchodziły m.in.: gorzelnia, dwa wiatraki, cukrownia oraz złoża torfowe. Miejscowość w tym czasie przynależała do powiatu gostynińskiego, Sądu w Sannikach oraz poczty w Gąbinie. W okresie między powstaniem listopadowym a styczniowym majątek Pacyna należał do przodujących w Królestwie - słynął z hodowli bydła i koni. W październiku 1861 r. namiestnik Królestwa Polskiego hrabia Karol Lambert wprowadził nowy podział administracyjny. Pacyna znalazła się w granicach powiatu gostynińskiego, w okręgu kaliskim, guberni warszawskiej. W czasie trwania powstania styczniowego nie doszło do walk na terenie samej Pacyny. Źródła informują o walce pod wsią Słup 3 sierpnia 1863 r. Zginęło tam wówczas 17 powstańców, 9 wzięto do niewoli, a następnie powieszono we wsi Model. Druga potyczka miała miejsce we wsi Słomków. Podejrzani o sprzyjanie sprawie narodowej dziedzice byli poddawani przez władze cesarskie represjom, a ich majątki były palone. Z rozkazu władz rosyjskich spalono folwarki Słup i Malina położone w gminie Pacyna.
17 września 1939 r. do Pacyny wkroczyły wojska niemieckie. Część mieszkańców Pacyny wysiedlono z ich domów, a ich gospodarstwa przejęli osadnicy niemieccy. 20 listopada 1939 r. Pacyna została włączona do Rzeszy. 18 stycznia 1945 r. na teren gminy wkroczyły wojska Armii Czerwonej, które wyzwoliły mieszkańców Pacyny.