Do misji Morskiego Instytutu Rybackiego - PIB w Gdyni należy rozwój potencjału naukowego oraz eksperckiego, których celem jest określanie wpływu człowieka, w tym w szczególności rybołówstwa na morskieekosystemy, jak również oddziaływania czynników naturalnych na rybołówstwo.
Nadzór nad Morskim Instytutem Rybackim pełni Ministerstwo Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej. Podstawą finansowania działalności statutowej Instytutu są fundusze przyznawane przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego. Ponadto dodatkowe środki finansowe MIR pozyskuje poprzez Wieloletni Program Zbierania Danych Rybackich finansowany przez Komisję Europejską i Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi, projekty badawcze finansowane przez MNiSW oraz Programy Ramowe Unii Europejskiej, usługi naukowe świadczone dla instytucji i przedsiębiorstw w kraju i zagranicą oraz własną działalność gospodarczą.
Bardzo ważne znaczenie dla MIR ma międzynarodowa współpraca, koordynowana przez Międzynarodową Radę Badań Morza (ICES), prowadzenie badań niezbędnych do realizacji przez Polskę oraz członkostwo Dyrektora MIR w EFARO – Europejskim Stowarzyszeniu Instytutów Badawczych Rybołówstwa i Akwakultury.
Zakłady Naukowe MIR-PIB
Zakład Zasobów Rybackich
Zakład Oceanografii Rybackiej i Ekologii Morza
Zakład Technologii i Mechanizacji Przetwórstwa
Zakład Chemii Żywności i Środowiska
Zakład Ekonomiki Rybackiej
Inne struktury organizacyjne MIR-PIB
Do MIR-u należy:
Akwarium Gdyńskie, którego zadaniem jest popularyzacja wiedzy o środowisku morskim,
Stacja Badawcza w Świnoujściu, która jest zapleczem do badań środowiska oraz zasobów rybnych Zalewu Szczecińskiego i Zatoki Pomorskiej,
MIR jest armatorem i współwłaścicielem RV Baltica – statku badawczego przystosowanego do badań oceanograficzno-rybackich i meteorologicznych na obszarze Morza Bałtyckiego.
Osiągnięcia i sukcesy MIR-PIB
Opracowanie w Zakładzie Zasobów Rybackich i wdrożenie do stosowania selektywnego worka dorszowego o oczku obróconym o 90° zwanego workiem T90. Worek ten został wprowadzony rozporządzeniem Komisji Europejskiej z grudnia 2005 roku jako standardowe selektywne narzędzie do stosowania w rybołówstwie Morza Bałtyckiego.
Zaprojektowanie w Zakładzie Technologii i Mechanizacji Przetwórstwa stołowej przecinarki ości w filetach, która została nagrodzona podczas The Belgian and International Trade Fair for Technological Innovation w Brukseli oraz dyplomem od Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego podczas XVII Giełdy Wynalazków Nagrodzonych na Światowych Wystawach Wynalazczości w 2009 roku, a także medalem brązowym na Targach Wynalazczości Concours Lepine 2010 w Paryżu.
Uhonorowanie w roku 2009 Morskiego Instytutu Rybackiego w Gdyni przez Puls Biznesu tytułem Gazeli Biznesu za doskonałe wyniki finansowe i rzetelność wobec Skarbu Państwa.
Zajęcie pierwszego miejsca w grupie jednorodnej G7 (Inżynieria i ochrona środowiska, technologie środowiskowe, rolnicze i leśne) oraz uzyskanie kategorii A na podstawie wyników oceny parametrycznej przeprowadzonej przez MNiSW za lata 2005-2009.