Karierę rozpoczął w zespole FC Prievidza[1]. Następnie grał w klubie Ozeta Dukla Trenczyn (później przemianowanym na Laugaricio) i z młodzieżową drużyną wywalczył w 2001 roku mistrzostwo Słowacji. W Corgoň Lidze zadebiutował w wieku 19 lat w barwach tego klubu w sezonie 2002/2003 zaliczając w nim jeden symboliczny występ[potrzebny przypis]. W sezonie 2003/2004 był już jednak podstawowym zawodnikiem swojego zespołu i w sezonie rozegrał 34 mecze będąc pewnym punktem Laugaricio w obronie. Z klubem z Trenczyna zajął 5. pozycję w lidze.
Škrtel w barwach Liverpoolu w meczu Ligi Mistrzów (2008)
Latem 2004 Škrtel za darmo przeszedł do klubu z Rosyjskiej Premier LigiZenitu Petersburg. W barwach Zenitu Martin zadebiutował 31 lipca w wygranym 2:0 wyjazdowym meczu Pucharu Rosji z Irtyszem Omsk. Do końca roku zagrał w 7 ligowych meczach i z Zenitem zajął 4. miejsce w lidze. W 2005 roku grał więcej, ale nie zawsze był pewny miejsca w podstawowym składzie. Rozegrał 18 ligowych meczów i zdobył swoją pierwszą bramkę nie tylko w rosyjskiej lidze, ale w ogóle na pierwszoligowych boiskach. Fakt ten miał miejsce 21 sierpnia w zremisowanym wyjazdowym meczu z CSKA Moskwa. Ze swoim klubem zajął 6. pozycję w lidze. W roku 2006 był już podstawowym graczem swojej drużyny i przez cały sezon zaprezentował wysoką równą formę co znalazło odzwierciedlenie w plebiscycie na Najlepszego Piłkarza Słowacji, w którym zajął 2. miejsce. W lidze rosyjskiej zagrał w 26 meczach i strzelił 1 gola (w wygranym 2:1 wyjazdowym meczu z Szynnikiem). Z Zenitem zajął 4. miejsce w lidze. W 2007 roku osiągnął największy, jak do tej pory, sukces w karierze - zdobył z Zenitem mistrzostwo Rosji.
Na początku 2008 roku Škrtel przeszedł do Liverpool F.C. Kosztował 6,5 miliona funtów. W Premiership Słowak zadebiutował 5 marca 2008 w wygranym 4:0 domowym spotkaniu z West Ham United. Przez cały sezon był podstawowym zawodnikiem nowego klubu. Jego zespół zajął drugie miejsce w tabeli Premier League. 21 listopada 2009 roku w spotkaniu z Manchesterem City (2:2) Słowak zdobył swoją pierwszą bramkę w Premier League.
W sezonie 2011/2012 Škrtel zdobył z drużyną klubową Puchar Ligi Angielskiej, a Słowak strzelił w finale bramkę[2].
14 lipca 2016 roku podpisał kontrakt z tureckim klubem Fenerbahçe SK za 5 milionów funtów[3]. W ciągu trzech lat występów w stołecznym klubie uzbierał 79 występów ligowych, zdobywając w nich 6 bramek. Po nieudanym sezonie 2018/2019 w którym Fenerbahçe nie zakwalifikowało się do europejskich pucharów opuścił drużynę z Turcji zostając piłkarzem Atalanta BC[4]. Po zaledwie trzech tygodniach kontrakt z włoskim klubem został rozwiązany za porozumieniem stron. Škrtel przyznał, że nie był w stanie zaadaptować się w nowym środowisku, a dodatkowo niezbyt odpowiadał mu styl gry Atalanty[5].
2 września 2019 roku ogłoszono powrót Škrtela do Turcji, gdzie został piłkarzem İstanbul Başakşehir[6]. W sezonie 2019/2020 został mistrzem Turcji z tym klubem. W sierpniu 2021 roku przeszedł do słowackiego klubu Spartak Trnawa[7]. 18 maja 2022 roku ogłosił zakończenie piłkarskiej kariery z powodu problemów zdrowotnych[8].
Dane dotyczące gry w Ozecie Dukli/Laugaricio Trenčín są niepełne. Dane dotyczące pucharu Rosji, który rozgrywany jest (w przeciwieństwie do ligi) systemem jesień-wiosna, zostały umieszczone w rubryce pierwszego z lat (np. za edycję 2004/2005 w rubryce 2004).
W reprezentacji Słowacji Škrtel zadebiutował 9 lipca 2004 roku w przegranym 1:3 meczu z Japonią rozegranym w ramach Kirin Cup. Od tego czasu jest niemal pewniakiem na środku obrony swojej reprezentacji i najczęściej grywa na środku obrony z Martinem Petrášem lub Jozefem Valachovičem.
7 lutego 2007 w towarzyskim meczu z Polską zdobył gola na 2:0 dla Słowacji, jednak mecz zakończył się ostatecznie remisem 2:2[14].
W 2010 roku znalazł się w kadrze na Mistrzostwa Świata. Na turnieju zagrał we wszystkich spotkaniach Słowaków, w tym sensacyjnej wygranej 3:2 nad Włochami broniącymi tytułu. Dzięki tej wygranej Słowacy awansowali do 1/8 finału, a Włosi pożegnali się z turniejem. W eliminacjach do Mistrzostw Europy 2016 był kapitanem drużyny, która pokonała między innymi obrońców tytułu Hiszpanów i zakwalifikowała się na turniej. Na turnieju finałowym Škrtel rozgrał wszystkie spotkania, a Słowacja odpadła z turnieju w 1/8 finału.
13 października 2018 roku w meczu Ligi Narodów przeciwko Czechom wystąpił po raz 100. w meczu reprezentacji. 22 lutego 2019 roku wraz z kolegami z drużyny Tomášem Hubočanem i Adamem Nemecem ogłosili zakończenie występów w reprezentacji[15]. 13 października 2019 roku w towarzyskim meczu przeciwko Paragwajowi rozpoczął mecz w wyjściowym składzie i w 30. minucie został zmieniony przez Denisa Vavro w ramach pożegnania z kadrą.
Osiągnięcia
Indywidualne:
Najlepszy piłkarz Słowacji: 2007, 2008, 2011, 2012
Škrtel urodził się w roku 1984 jako trzecie dziecko Jany w małej miejscowości Handlová leżącej niedaleko Prievidzy[16]. Ma brata Dušana oraz siostrę Marcelę[16]. Wychowywał się w Ráztočno[17]. W piłkę nożną zaczął grać w wieku sześciu lat[13]. Jako dziecko grał również w hokeja na lodzie[13][1]. Porzucił jednak ten sport w wieku 10 lat i skoncentrował się na piłce[17].
Uwagi
↑Nie jest znana liczba bramek zdobytych przez Škrtela dla Ozety Dukli/Laugaricio Trenčín. Na potrzeby tego zestawienia przyjęto 0.
