W 1693 roku sporządził kataster podatkowy, pierwszy od czasów katastru Vaubana z 1678 roku. Na dworze był przeciwnikiem Fénelona i kwietystów. Odpowiadał za wprowadzenie w latach 1695-1698 pogłównego, dzięki któremu dwór próbował zdobyć środki na wojnę z Ligą Augsburską[1].
Krytykowano go z klęskę pod La Hougue w 1692 roku, ponieważ nie przygotował floty należycie do tego starcia.
Phélypeaux był kanclerzem Francji od 5 września 1699 do 1 lipca 1714 r. Historyk François Bluche napisał, że przywrócił temu urzędowi godność i znaczenie nieznane od czasu, gdy kanclerzem był Pierre Séguier. Saint-Simon chwalił Phélypeaux’a w swych Pamiętnikach, a Ludwik XIV cenił go za dyskrecję.
Zrezygnował w 1714 roku podczas zamieszania wokół realizacji we Francjibulli papieskiej Unigenitus wymierzonej przeciw jansenistom, których darzył mniejszą niechęcią niż król. Wycofał się do klasztoru oratorian, gdzie zmarł w 1727 roku.
W 1668 roku poślubił Marie de Maupeou. Ich jedyny syn, Jérôme de Phélypeaux (1674–1747), odziedziczył stanowiska po ojcu.