W 1701 roku ojciec Adrian Pędzikowski rozpoczął budowę istniejącego do dziś murowanego kościoła[2]. Dzięki wsparciu finansowemu olbrzymiej liczby fundatorów oraz działalności egzorcysty, błogosławionego o. Rafała Chylińskiego, ukończono budowę kościoła. 16 maja 1726 roku świątynia została uroczyście konsekrowana przez prymasa Teodora Potockiego. Budowę klasztoru ukończono ostatecznie w 1746 roku. Bazę materialną, zapewniającą zakonnikom środki do utrzymania, stanowiły należące do klasztoru pobliskie folwarki ziemskie[3].
Po powstaniu styczniowym klasztor uległ likwidacji (8 listopada 1864), a na zakonników spadły carskie represje. W budynku klasztornym umieszczono m.in. szkołę i dom dla biedoty. Zakonnicy odzyskali budynek dopiero po 54 latach.
Po wojnie do Łagiewnik powrócili franciszkanie. Od 1978 roku przy klasztorze działa Wyższe Seminarium Duchowne oo. Franciszkanów, które w 1989 roku uzyskało własny gmach.
Na cmentarzu w Łagiewnikach (ul. Okólna 185) są dwie zbiorowe kwatery nagrobków Ojców Franciszkanów. Na głównej kwaterze znajduje się rzeźba bł. Rafała Chylińskiego, natomiast na drugiej rzeźba św. Franciszka. Obie rzeźby zostały odsłonięte w 1997 roku. Autorem obu rzeźb, nagrobków Ojców Franciszkanów i kwater jest Wojciech Gryniewicz.
Klasztor w Łagiewnikach jest pierwszym i jednym z czterech klasztorów zakonu Braci Mniejszych Konwentualnych w Łodzi. Inne łódzkie klasztory oo. franciszkanów to:
Klasztor Niepokalanego Poczęcia przy ul. Kreciej 37;