Kaplicę wybudowano w l. 1423–1441 z fundacji rajcy krakowskiego Marka Noldenfressera. Z tego okresu zachowało się gotyckie okno z maswerkiem oraz sklepienie, będące unikatowym przykładem tak skomplikowanego krzywobieżnego opracowania żeber w granicach ówczesnego Królestwa Polskiego. W późniejszym okresie jej kolatorami stały się bogate kupieckie rody Gutteterów i Turzów (Thurzonów) von Bethlemfalva. W latach 20. XIX w., w okresie Wolnego Miasta Krakowa, opiekę nad kaplicą przejął ziemianin i obywatel krakowski Karol Mazaraki (1782-1841), grzebiąc w znajdującej się pod nią kryptą swoją matkę Annę z Jelita Bielskich, żonę Józefę z Girtlerów oraz przedwcześnie zmarłe dzieci, a następnie przeznaczając ją również na miejsce swojego własnego pochówku. Od tej pory kaplica św. Wawrzyńca stała się mauzoleum rodowym Mazarakich herbu Newlin, a więc potomków Michała Mazarakiego (elektora Augusta II Mocnego z województwa ruskiego), którego synowie zapoczątkowali kilka linii tego rodu. Pod koniec XIX w. ściany kaplicy zostały pokryte polichromią pędzla Jana Bukowskiego. Z tego okresu pochodzi też zapewne witraż z herbem Newlin, znajdujący się w zwieńczeniu gotyckiego okna.
Oprócz nagrobków Mazarakich, w kaplicy znajduje się jeszcze kilka innych płyt i pomników z okresu przed przejęciem opieki nad kaplicą przez Karola Mazarakiego - wśród upamiętnionych jest m.in. Eliasz Wodzicki.
Bibliografia
K. Bąkowski, Kościół N. P. Maryi Panny w Krakowie, Kraków 1913, s. 64.
N. de Missery, La famille des Mazaraky et son histoire, Tsarskoie Sielo 1916, passim.
M. Rożek, Przewodnik po zabytkach i kulturze Krakowa, Kraków 1993, s. 216.