Klub piłkarski KS Lushnja został założony w miejscowości Lushnja w 1926 roku. W 1948 zadebiutował w pierwszej lidze albańskiej i spadł z niej po sezonie. W 1950 nazywał się SK Lushnja, a rok później Puna Lushnja. W 1958 i 1991 powracał do dawnych nazw.
W 1996 trenerem drużyny był Mario Kempes, który odniósł duży sukces z zespołem, wygrywając drugą ligę. Był pierwszym zagranicznym trenerem pracującym w Albanii i to on jako pierwszy zatrudnił zagranicznego piłkarza w klubie.
W sezonie 2007/2008 zespół awansował do Kategoria Superiore, zajmując 3. miejsce w drugiej lidze i wygrywając baraż z KS Kastrioti po rzutach karnych[1]. W następnym sezonie klub został zdegradowany do drugiej ligi, zajmując przedostatnie, 11. miejsce w lidze.