Na zaproszenie japońskiego rządu wyjechał do Japonii, gdzie nauczał chirurgii, dermatologii, okulistyki i ginekologii w Szkole Medycznej Uniwersytetu Cesarskiego w Tokio. Kontrakt Scriby trwał od 6 czerwca 1881 do 5 czerwca 1887. Po wywiązaniu się z niego powrócił do Niemiec, jednak kontrakt został odnowiony 2 września 1889 i przedłużony do 10 września 1901. Scribie przypisuje się wykonanie pierwszej kraniektomii w złamaniu czaszki w Japonii, w 1892 roku. Uczniowie Scriby zostali wybitnymi japońskimi chirurgami, a jego asystent Hayari Miyake był pionierem japońskiej neurochirurgii.
Scriba został dwukrotnie wezwany przez japoński rząd w szczególnie delikatnych, międzynarodowych incydentach: po raz pierwszy w 1891 roku po tzw. Incydencie Ōtsu, kiedy rosyjski carewicz Mikołaj Aleksandrowicz (w przyszłości car Mikołaj II) został zaatakowany przez japońskiego policjanta i po raz drugi w 1895, gdy chiński dyplomata Li Hongzhang został postrzelony podczas Konferencji Pokojowej w Shimonoseki, kończącej wojnę chińsko-japońską.
W 1881 roku ożenił się z Japonką Yasu Kamiya (1865–1928)[1].
Scriba zmarł w 1905 i został pochowany w kwaterze obcokrajowców cmentarza komunalnego w Aoyama, Tokio.
Wybrane prace
Flora der Blüthen- und höheren Sporen-Pflanzen des Grossherzogthums Hessen. Darmstadt 1873
Untersuchungen über die Fettembolie. Leipzig 1879
Beiträge zur Aetiologie und Therapie des Aneurysma (1885)
Ueber Rasseneigenthümlichkeiten des japanischen Schädels, welche bei chirurgischen Operationen in Betracht kommen (1885)
Excursions-Flora der Blüthen- und höheren Sporenpflanzen, mit besonderer Berücksichtigung des Grossherzogtums Hessen und der angrenzenden Gebiete. Giessen 1888
Scriba, Miyake. Nephrophages sanguinarius, ein neuer menschlicher Parasit im Urogenitalapparat. Mitth. a. d. med. Fac. d. k.-jap. Univ. 3, 1894
Mishima Y. The dawn of surgery in Japan, with special reference to the German society for surgery. „Surg Today”. 36 (5), s. 395-402, 2006. DOI: 10.1007/s00595-005-3157-6. PMID: 16633743.
Grundmann E. 125 years of European-Japanese cooperation in the field of medicine with emphasis on Japanese-German cancer research. „J Cancer Res Clin Oncol”. 122 (6), s. 315-8, 1996. PMID: 8642040.
Raja IA, Raja AI. Role of Japan in the future of neurosurgery in Asia. „Neurol Med Chir (Tokyo)”. 45. 8, s. 433-7, 2005. PMID: 16127265.
H.-P.H.P.SchmiedebachH.-P.H.P., German-Japanese relationship in pathology and forensic medicine during the late 19th and early 20th centuries, „Rechtsmedizin”, 16 (4), 2006, s. 213–218, DOI: 10.1007/s00194-006-0393-z, ISSN0937-9819(ang.).
Zur Erinnerung an Professor Scriba, „Deutsche Zeitschrift für Chirurgie”, 81 (1), 1906, s. 97–104, DOI: 10.1007/BF02790941, ISSN0367-0023(niem.).1 stycznia
