Ważniejsze dzieła Joachima Jungius'a w katalogu Niemieckiej Biblioteki Narodowej:[3]
Der Briefwechsel des Joachim Jungius Joachim Jungius' Geometria empirica und Reiß-Kunst Joachim Jungius und sein Zeitalter Aus dem literarischen Nachlass von Joachim Jungius Disputationes Hamburgenses Praelectiones physicae Joachimi Jungii Logicae Hamburgensis additamenta Joachimi Jungii Logica Hamburgensis
W swoich pracach naukowych stworzył podstawy nowoczesnej morfologii i terminologii botanicznej. Dotyczy to głównie De plantis doxoscopiae (druk z 1662) oraz Isagoge phytoscopica (druk z 1678), w których pierwszy wprowadził pojęcia topologii do opisu kształtów roślin. Terminologia Jungius'a w dużym stopniu została przejęta przez K. Linneusza[4].
