Przed wyborami do Rady Miasta Krakowa z 1938 został członkiem komitetu Polskiego Bloku Katolickiego[3].
6 listopada1939 został wraz z innymi profesorami Uniwersytetu aresztowany w ramach Sonderaktion Krakau i wywieziony do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen, a stamtąd w grudniu 1940 do Dachau. Wyszedł na wolność 4 stycznia 1941 i przedostał się do Warszawy. Działał w konspiracji pełniąc obowiązki kapelana NSZ i starając się doprowadzić do porozumienia między NSZ a Armią Krajową. W czasie powstania warszawskiego oficjalnie pełnił funkcję kapelana oddziałów Obwodu Ochota. Zginął 11 sierpnia 1944 r. na Ochocie rozstrzelany przez żołnierzy z oddziałów RONA.
Badania Salamuchy dotyczyły przede wszystkim możliwości wykorzystania logiki matematycznej do formalizacji rozumowań w filozofii średniowiecznej i nowożytnej. Pomagała mu w tym znajomość paleografii, wykorzystywanej do odczytywania dawnych tekstów. Pod wpływem Łukasiewicza, który dokonał współczesnej interpretacji pism logicznych Arystotelesa i zrekonstruował logikę stoików, Salamucha starał się wykorzystać metody logiczne w metafizyce.
Publikacje
Rola logistyki w filozofii chrześcijańskiej, 1936
Krytyka poznania, 1995
Wiedza i wiara. Wybrane pisma filozoficzne (red. Jacek Jadacki i Kordula Świętorzecka), Lublin 1997
Leksykon filozofów współczesnych, JanJ.Szmyd, Bydgoszcz: Oficyna Wydawnicza Branta, 2004, ISBN 83-89073-54-4, OCLC749316781. Brak numerów stron w książce
PawełP.SkibińskiPawełP., Człowiek o sercu bohaterskim. Ksiądz Jan Salamucha 1903-1944, Warszawa: Fronda, 2005, ISBN 83-88747-01-0, OCLC234349914. Brak numerów stron w książce