28 czerwca 2004 mianowany biskupem pomocniczym Nowego Jorku ze stolicą tytularnąAltiburus[2]. Sakry udzielił mu kard. Edward Egan. Po sakrze otrzymał nominację na rektora seminarium nowojorskiego, zaś od 2012 był wikariuszem biskupim ds. duchowieństwa[1]. 20 lutego 2013 ogłoszona została jego nominacja na wikariusza generalnego archidiecezji. Jednocześnie bp Walsh kontynuował pracę jako wikariusz biskupi ds. duchowieństwa[3].