Pochodzi ze starej czeskiej rodziny książątLobkowiczów. W 1966 r. rozpoczął studia na Wydziale Filozofii Uniwersytetu Karola w Pradze. Rok później przeniósł się do seminarium duchownego w Litomierzycach. W 1968 r. wstąpił do zakonu premonstratensów. W latach 1968–1969 studiował teologię w Innsbrucku. 15 sierpnia 1972 r. został wyświęcony na księdza.
6 października 2006 r. w gazecie „Mladá fronta Dnes” został opublikowany artykuł Marii Rút Křížkovéj(inne języki) informujący, że biskup František Lobkowicz był przez kilka lat zarejestrowany jako agent czechosłowackiej Służby Bezpieczeństwa (StB) pod pseudonimem „Plzeňák”[3][4][5]. 11 grudnia 2006 biskup oświadczył, że ma czyste sumienie[6].
