Zgromadzenie zostało założone przez Francuzkę Marię od Męki Pańskiej (Helenę de Chappotin). Zostało ono zatwierdzone 6 stycznia 1877 przez papieża Piusa IX. Od początku istnienia franciszkanki misjonarki uczestniczyły w pracy misyjnej Kościoła, a ideałem zgromadzenia było tworzenie wspólnot międzynarodowych.
Franciszkanki misjonarki prowadzą działalność ewangelizacyjną, edukacyjną, zakładają i pracują w przychodniach, szpitalach, hospicjach i sierocińcach. Do Polski siostry przybyły w 1922 z Odessy. Pierwszy dom zakonny został założony w Łabuniach.
