Absolwent Państwowej Szkoły Kartografii (École nationale des chartes), po uzyskaniu dyplomu archiwisty-paleografa (1878) podjął pracę w paryskiej Bibliotece Narodowej. Od 1890 na stanowisku kierowniczym w Gabinecie Medali, a następnie mianowany jego dyrektorem (1892), z zachowaniem tej funkcji dożywotnio.
Pierwotnie poświęciwszy się studiom mediewistycznym, dość wcześnie zaczął skłaniać się ku numizmatyce starożytnej, której stał się wybitnym znawcą. Do jego dokonań naukowych należały też badania w dziedzinie gliptografii. Był również specjalistą w zakresie lingwistyki wschodniej i znaną postacią francuskiej archeologii. Wspólnie z Salomonem Reinachem prowadził wykopaliska w Afryce północnej (1883), których rezultaty ogłosił w szeregu publikacji (wspólnych bądź indywidualnych) poświęconych zabytkom rzymskim i kartagińskim. Opracował naukowo (1916) skarb srebrny z Berthouville (Normandia). Zasiadał w wielu komisjach, był współwydawcą „Gazette archéologique”, będąc też autorem licznych artykułów publikowanych tam oraz w „Revue numismatique” i „Mélanges numismatiques”.
Jego działalność w zakresie numizmatyki grecko-rzymskiej była ukierunkowana dwojako: na opracowywanie katalogów numizmatycznych oraz dokonywanie syntezy poszczególnych badań w postaci rozległych prac (corpus). Imponujące 11-tomowe dzieło Traité des monnaies grecques et romaines pozostało jednak niedokończone, podobnie jak przejęte po W.H. Waddingtonie i kontynuowane wraz z Théodorem Reinachem Recueil général..., które z uwagi na bogactwo materiału wciąż ma znaczenie naukowe.
Wielokrotnie odznaczany i honorowany. Za zasługi dla Gabinetu Medali i na polu badań naukowych przyznano mu dwukrotnie (1900 i 1921) Legię Honorową. W 1899 został nagrodzony medalem londyńskiego Royal Numismatic Society, a w 1922 otrzymał medal Archera M. Huntingtona przyznawany przez American Numismatic Society. W 1908 został przewodniczącym Akademii Inskrypcji i Literatury Pięknej.
Był ojcem numizmatyka Jeana Babelona i dziadkiem historyka Jeana-Pierre’a Babelona.
Publikacje
Description historique et chronologique des monnaies de la République romaine – 2 tomy (1885–1886)
Recherches archéologiques en Tunisie (1886) [współautorstwo z S. Reinachem]
Le cabinet des antiques á la Bibliothèque nationale (1888–1890)
Manuel d'archéologie orientale (1889)
Rois de Syrie, d'Armenie et de Commagene. Catalogue des monnaies grecques de la Bibliothèque nationale (1890)
Les Perses achéménides, les satrapes et les dynastes tributaires de leur empire, Chypre et Phénicie. Catalogue des monnaies grecques de la Bibliothèque nationale (1893)
La gravure des pierres fines, camées et intailles (1894)
Carthage (1896)
Catalogue des camées antiques et modernes de la Bibliothèque nationale (1897)
Les origines des monnaies de la République romaine (1898)
Traité des monnaies grecques et romaines – 11 tomów (1901–1933)
Recueil général des monnaies grecques d’Asie mineure, commencé par William Henry Waddington; continué et complété par Ernest Babelon et Théodore Reinach (1908–1925)
Médailles historiques du règne de Napoleón le Grand, empereur et roi (1912)
Les monnaies grecques, aperçu historique (1921)
Introduction générale á l'étude des monnaies de l'antiquité (wyd. pośmiertne 1979)
Bibliografia
Grand Larousse encyclopédique, t. 1, Paris 1960
Helmut Schubert, Babelon, Ernest [w] Der Neue Pauly. Supplement t. 6 (Stuttgart 2012), kol. 41–42
Helmut Kahnt, Das große Münzlexikon von A bis Z, Regenstauf 2005, s. 36