Elektrociepłownia została uruchomiona w 1974 w odpowiedzi na rosnące zapotrzebowanie na energię związane z rozwojem miasta i przemysłu. Elektrociepłownia kolejno przechodziła przez struktury organizacyjne:
1974 w ramach Zaodrzańskich Zakładów Przemysłu Metalowego „Zastal”,
1974–1975 w strukturze Miejskiego Przedsiębiorstwa Energetyki Cieplnej,
1975–1978 w ramach Wojewódzkiego Przedsiębiorstwa Energetyki Cieplnej,
1978–1991 jednostka Zakładu Energetycznego w ramach Zakładów Energetycznych Okręgu Zachodniego,
1 lipca 1991 została przedsiębiorstwem państwowym pod nazwą Elektrociepłownia Zielona Góra,
maj 2005 wydzielenie z Elektrociepłowni spółki remontowej Przedsiębiorstwo Remontowe Elektrociepłowni ECeRemont Sp. z o.o.,
7 września 2001 prywatyzacja Elektrociepłowni – 45% zakupiło Konsorcjum ZEW Kogeneracja S.A. i Dalkia Termika S.A. (obie spółki pod kontrolą francuskiej EDF),
Od 16 lutego 2012 r. Spółka wchodzi w skład grupy kapitałowej EDF.
1 maja 2013 r. wyłączono trwale z użytkowania urządzenia wytwórcze bloku węglowego o mocy 23,4 MWe i 157,9 MWt wraz z urządzeniami towarzyszącymi