Zainteresowanie archeologią zaszczepiła w nim prawdopodobnie matka Gladwin, z którą jeszcze jako dziecko, wspólnie poszukiwał grotów strzał w pobliskich strumieniach. Później na farmie swojego wujka odnalazł wraz z przyjacielem kilka indiańskich artefaktów, które przekazał Stowarzyszeniu Historii Naturalnej Hrabstwa Worcester[2]. Nigdy jednak nie posiadł formalnego wykształcenia archeologicznego[1]. Przez długi czas bronił popularnego ówcześnie pseudonaukowego poglądu o pochodzeniu cywilizacji mezoamerykańskich z Atlantydy[3], m.in. w opublikowanym w 1879 roku na łamach Popular Monthly artykule Atlantis Not a Myth[4]. Zwrócił nim uwagę Stephena Salisbury’ego Jr., który był wiceprzewodniczącym Amerykańskiego Stowarzyszenia Antykwarskiego. W 1885 roku Salisbury poinformował go, że stowarzyszenie oraz Peabody Museum postanowiło mianować go badaczem starożytnych kultur na Jukatanie[2]. W latach 1885–1909 dzięki wsparciu senatora George’a Frisbie Hoara[2] pełnił funkcję amerykańskiego konsula w Mérida na Jukatanie[1]. Okres służby dyplomatycznej poświęcił badaniom archeologicznym oraz zgłębianiu kultury Majów, nauczył się m.in. ich języka[5].
Przez ponad 40 lat pobytu w Meksyku prowadził badania stanowisk związanych z cywilizacją Majów, w tym najważniejsze na stanowisku w Chichén Itzá. W 1894 roku zakupił ziemię na której położone było to starożytne miasto, poświęcając się zakończonym sukcesem wieloletnim poszukiwaniom opisanej przez Diego de Landęświętej cenote[1][3]. Z dna studni wydobył wiele artefaktów, które przekazał do Peabody Museum. W 1926 roku rząd meksykański oskarżył Thompsona o nielegalny wywóz zabytków i odebrał ziemię, zmuszając go do powrotu do USA[4]. Swoje badania opisał w wydanej w 1932 roku pracy The People of the Serpent[1].
↑ abC.W. Ceram: Bogowie, groby i uczeni. Warszawa: Państwowe Wydawnictwo Naukowe, 2002, s. 375. ISBN 83-06-02398-6.
↑ abHelen Delpar: Looking South. The Evolution of Latin Americanist Schloarship in the United States, 1850-1975. Tuscaloosa: The University of Alabama Press, 2008, s. 54-55. ISBN 978-0-8173-1594-8.
