Dynamika molekularna

Symulacja rozciągania nanopręta niklowego metodą MD. Parametry symulacji w opisie grafiki.

Dynamika molekularna (MD) – numeryczne rozwiązywanie i komputerowa symulacja przestrzeni fazowej dla modelu układu molekuł. Elementarne poprzez całkowanie równań ruchu Newtona lub kompleksowo z uwzględnieniem licznych oddziaływań w celu uzyskania informacji o właściwościach zależnych od czasu. Oddziaływania między elementami układu są opisywane przez pewną funkcję oraz zespół parametrów dla tej funkcji.

Dynamika molekularna znajduje zastosowanie między innymi w biochemii jako narzędzie do poznawania struktury i oddziaływań w białkach, kwasach nukleinowych i innych biomolekułach.

Istnieje szereg pakietów oprogramowania do prowadzenia symulacji dynamiką molekularną, najpopularniejsze to ABINIT (DFT), AMBER (model klasyczny), CHARMM, GROMACS, GROMOS, Materials Explorer oraz NAMD.

Zobacz też

• modelowanie molekularne
• modele budowy cząsteczek chemicznych

Linki zewnętrzne

• www.molnet.eu – polskojęzyczny portal o modelowaniu molekularnym

Kontrola autorytatywna (technika):

• NKC: ph202577

Encyklopedie internetowe:

• PWN: 3895389
• Britannica: topic/molecular-dynamics
• Universalis: dynamique-moleculaire
• Catalana: 0176330