W zachodniej części chronionego obszaru płynie rzeka Noteć, zaś we wschodniej (od Nakła do Bydgoszczy) – Kanał Bydgoski, wybudowany w 1774 r., łączący dorzecza Odry i Wisły[2].
Między dnem doliny a skrajem wysoczyzny występują znaczne deniwelacje terenu, miejscami należące do największych na Niżu Polskim (Góry Rzadkowskie 187 m n.p.m., Dębowa Góra 193 m n.p.m., wobec dna pradoliny 37–54 m n.p.m.)[3].
Nad Doliną Noteci nadzór sprawuje Regionalny Zarząd Gospodarki Wodnej w Poznaniu[2].
Obszar obejmuje bogatą mozaikę siedlisk z załącznika I dyrektywy siedliskowej (15 rodzajów), z priorytetowymi lasami łęgowymi i dobrze zachowanymi kompleksami łąkowymi, choć łącznie zajmują one poniżej 20% powierzchni obszaru[2].
Rekomendowana jest również restytucja na tym terenie łątki ozdobnej, występującej w okolicach Nakła na początku XX w.[2]
Obszar częściowo pokrywa się z ostoją ptasią o randze europejskiej E-33 Nadnoteckie Łęgi. Jest to również ważny korytarz ekologiczny o randze międzynarodowej[5].
↑Katarzyna Marcysiak: Ochrona przyrody – Bydgoszcz i okolice. W: Przyroda Bydgoszczy. Józef Banaszak (red.). Bydgoszcz: Wydawnictwo Akademii Bydgoskiej im. Kazimierza Wielkiego, 2004. ISBN 83-7096-531-8. Brak numerów stron w książce
Panorama doliny z okolic Bydgoszczy. Po prawej Kanał Bydgoski