Diecezja Eichstätt została założona w 741 r. przez misjonarza św. Bonifacego mianowanego przez papieża arcybiskupem Germanii. Jej pierwszym biskupem został jeden z jego towarzyszy w misji chrystianizacyjnej po Niemczech – św. Willibald. Od 782 r. biskupstwo to wchodziło w skład metropolii Moguncji.
W późnym średniowieczu diecezja uzyskała pełną niezależność polityczną stając się niezależnym księstwem biskupim, które przetrwało do 1802 r., kiedy zostało sekularyzowane.
Na mocy Konkordatu Bawarskiego z 1817 r. diecezja Eichstätt została włączona do metropolii Bambergu jako jej sufragania.
