Cristian Baroni w 2005 roku grając dla Paulisty w 2005 roku zdobył Copa do Brasil. W 2006 roku przeszedł do Athletico Paranaense, w którym spędził jeden sezon, po którym to w roku 2007 przeniósł się do CR Flamengo, w którym miał dość duży wpływ na piątą pozycję jego klubu na końcu sezonu, dzięki to której klub awansował do Copa Libertadores.
20 lipca2009 roku Cristian przeszedł za €5 milionów do Fenerbahçe SK[4]. Zawodnik w jednym z meczów po strzelonym golu pokazał dwa środkowe palce kibicom przeciwnej drużyny. W lipcu 2012 roku zawodnik przedłużył swój kontrakt z klubem, dzięki któremu będzie zarabiać €1,8 miliona za sezon. Pomocnik został pokochany przez fanów stołecznej drużyny. Jeden z jego najlepszych meczów to ten przeciwko Borussii Mönchengladbach, w którym Brazylijczyk strzelił dwa gole i zaliczył asystę. Znany jest też z przepięknych strzałów z dystansu. 28 sierpnia 2014 roku kontrakt zawodnika został rozwiązany za porozumieniem stron[5].
Powrót do Corinthians
3 stycznia 2015 oficjalnie został potwierdzony powrót Cristiana Baroniego do Corinthians[6]. W 2016 roku odszedł z klubu.