W roku 1956, po 12 latach pracy kapłańskiej w Archidiecezji warszawskiej, został benedyktynem i zamieszkał w opactwie tynieckim, zmienił wtedy imię na Augustyn. 30 listopada 1959 złożył tam śluby wieczyste. W latach 1985-1993 pełnił funkcję opata tynieckiego.
Był profesorem zwyczajnym teologii, licencjatem nauk biblijnych (w specjalności: teologia biblijna Nowego Testamentu) i magistrem filozofii. Wykładał na Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie (od 1963). W latach 1978-1989 był członkiem Papieskiej Komisji Biblijnej. W 1996 został doktorem honoris causa Papieskiej Akademii Teologicznej w Krakowie.
Napisał 30 własnych książek, był współautorem kolejnych 10. Opublikował też ponad 100 artykułów w pismach teologicznych i dziełach zbiorowych. Od 1972 redagował serię biblijną „Attende lectioni”. Był wieloletnim kierownikiem duchowym prof. Anny Świderkówny.
Grób o. Augustyna Jankowskiego na tynieckim cmentarzu parafialnym
Publikacje
Aniołowie wobec Chrystusa. Angelologia chrystocentryczna Nowego Testamentu
Apokalipsa św. Jana (1959)
Biblia w dokumentach Kościoła
Biblijna teologia czasu
Biblijna teologia Przymierza (1985)
Bliżej Bogarodzicy: studia z mariologii biblijnej (2004)
Ciasna brama i wąska droga
Dopowiedzenia chrystologii biblijnej
Duch dokonawca. Nowy Testament o posłannictwie eschatologicznym Ducha Świętego
Duch Święty w Nowym Testamencie: zarys pneumatologii NT (1993³ rozszerzone)