Arystobul był młodszym synem Aleksandra Janneusza, króla i arcykapłana, oraz Salome Aleksandry. Po śmierci Aleksandra w 76 roku p.n.e. wdowa po nim objęła władzę nad Judeą i w 73 roku p.n.e. ustanowiła arcykapłanem swojego starszego syna Hyrcanusa II. pne. Kiedy Salome zmarła w 67 roku p.n.e., Hyrcanus również objął królestwo.
Arystobul podzielał poglądy swojego zmarłego ojca na religię i politykę. Knuł plany na tronie, nawet za życia swojej matki. Zabiegał o względy szlachty i stronnictwa wojskowego, ustanawiając się patronem saduceuszy i przedstawiając ich sprawę przed królową. Liczne twierdze, które królowa oddała do dyspozycji saduceuszy, rzekomo w celu ich obrony przed faryzeuszami, stanowiły w rzeczywistości jeden z ruchów przygotowawczych Arystobula do uzurpacji władzy. Królowa starała się skierować jego militarny zapał poza Judeę i wysłała go (70-69) przeciwko Ptolemeuszowi Menneuszowi; ale kiedy przedsięwzięcie się nie powiodło, Arystobul wznowił swoje intrygi polityczne. Potajemnie opuścił Jerozolimę i udał się do swoich przyjaciół, którzy kontrolowali największą liczbę ufortyfikowanych miejsc, z zamiarem wypowiedzenia wojny jego sędziwej matce. Ale królowa zmarła w krytycznym momencie, a on natychmiast zwrócił broń przeciwko swemu bratu Hyrcanusowi, prawowitemu następcy tronu.
Bunt
Hyrcanus wydawał się sympatyzować z saduceuszami, podobnie jak jego ojciec Aleksander Janneusz. Arystobul zbuntował się przeciwko swemu starszemu bratu. Z powodu tego konfliktu wydawało się, że faryzeusze znajdują się w trudnej sytuacji.
Hyrcanus ruszył przeciwko Arystobulowi na czele swoich najemników i zwolenników. Bracia spotkali się w bitwie pod Jerychem i wielu żołnierzy Hyrcanusa przeszło na stronę Arystobula, dając mu w ten sposób zwycięstwo.
Hyrcanus schronił się w cytadeli jerozolimskiej; ale zdobycie Świątyni przez Arystobula zmusiło Hyrcanusa do poddania się. Zawarto wówczas pokój, na mocy którego Hyrcanus miał zrzec się tronu i urzędu arcykapłana, ale miał korzystać z dochodów z tego ostatniego urzędu.
Porozumienie to jednak nie przetrwało, ponieważ Antypater Idumejczyk przekonał Hyrcanusa, że Arystobul planuje jego śmierć i do schronienia się u Aretasa III, króla Nabatejczyków. Nabatejczycy ruszyli w kierunku Jerozolimy z 50-tysięczną armią i oblegali miasto przez kilka miesięcy.
Interwencja Rzymska
Podczas tej wojny domowej rzymski generał Pompejusz pokonał królestwa Pontu i Seleucydów. Wysłał swojego zastępcę Marka Aemiliusa Skaurusa, aby objął Seleucydów w Syrii.
Ponieważ Hasmoneusze byli sprzymierzeńcami Rzymian, obaj bracia zwrócili się do Skaurusa, starając się przy pomocy darów i obietnic pozyskać go na swoją stronę. Skaurus, poruszony darem 400 talentów, zdecydował się na korzyść Arystobula i nakazał Aretasowi wycofać swoje wojska. Podczas jego odwrotu Nabatejczycy ponieśli druzgocącą klęskę z rąk Arystobula.
Kiedy Pompejusz przybył do Syrii w 63 roku p.n.e., obaj bracia oraz strona trzecia, pragnąca usunięcia całej dynastii, wysłali do Pompejusza swoich delegatów, który jednak zwlekał z decyzją. Faworyzował Hyrcanusa II nad Arystobula II, uważając starszego, słabszego brata za bardziej niezawodnego sojusznika Cesarstwa Rzymskiego.
Pompejusz pokonał wojska żydowskie w wielu bitwach i zajął twierdze Judei. Arystobul i jego synowie Aleksander i Antygon zostali schwytani w 63 roku p.n.e. Arystobul, podejrzliwy wobec Pompejusza, okopał się w twierdzy Aleksandrium, ale kiedy Rzymianie ponownie pokonali jego wojska, poddał się i zobowiązał się oddać im Jerozolimę. Ponieważ jednak wielu jego zwolenników nie chciało otworzyć bram, Rzymianie oblegli i zdobyli miasto siłą, poważnie niszcząc miasto i świątynię. Hyrcanus został przywrócony jako Arcykapłan, ale pozbawiony władzy politycznej.
Arystobul II uciekł w 57 roku p.n.e., wzniecając bunt przeciwko Rzymowi w Judei, aż w końcu został schwytany przez Aulusa Gabiniusza, konsula rzymskiej prowincji Syrii, w Machaerus. Marek Antoniusz, dowódca kawalerii Gabiniusza, poprowadził ludzi do zdobycia fortyfikacji Arystobula i pokonania jego sił.
Wzięty do niewoli Arystobul został uwolniony przez Juliusza Cezara w 49 roku p.n.e. w celu zwrócenia Judei przeciwko Pompejuszowi. Był w drodze do Judei ze swoim synem Aleksandrem, kiedy został otruty przez członków partii Pompejusza. Jego syn Aleksander został ścięty przez rzymskiego dowódcę Scypiona w Antiochii.
Jego syn Antygon, z pomocą Partów, poprowadził bunt przeciwko Rzymowi i został królem i arcykapłanem w 40 roku p.n.e., ale został pokonany i zabity przez Rzymian w 37 roku p.n.e.