jedyny powołany w wyborach i zaprzysiężony wiceprezydent Skonfederowanych Stanów Ameryki (1862–1865). W związku z upadkiem CSA po przegranej wojnie secesyjnej, w połowie sześcioletniej kadencji musiał odejść.
gubernator Georgii (1882–1883), zmarł krótko po wyborach.
Historykom pozostaje najlepiej znany jako wiceprezydent Konfederacji. Był przeciwnikiem secesji, ale pozostał wierny swemu stanowi – Georgii. Na zjeździe, który uchwalił powołanie do życia Konfederacji, został wybrany wiceprezydentem. W czasie wojny wielokrotnie sprzeciwiał się decyzjom Jeffersona Davisa w kwestii uprawnień poszczególnych stanów. Oprócz tego znany jest jako autor Cornerstone Speech, czyli przemowy, w której Stephens wyjaśnia, że przyczyną secesji południowych stanów było niewolnictwo, w tym rzekoma wyższość białego człowieka nad czarnym[1].
W lutym 1865 roku stał na czele delegacji pokojowej, która bez powodzenia spotkała się z prezydentem Lincolnem w Hampton Roads. Po zakończeniu wojny został aresztowany i spędził 6 miesięcy uwięziony w Forcie Warren w Zatoce Bostońskiej. W 1866 roku stan Georgia wysunął jego kandydaturę do Senatu, ale Kongres zaoponował. W odpowiedzi Stephens napisał książkę pt. „Konstytucyjne spojrzenie na minioną wojnę pomiędzy stanami” (ang. A Constitutional View of the Late War Between the States) oraz kilka innych, a w roku 1871 został wydawcą ukazującego się w Atlancie pisma Southern Star.