Założony 1971 przez Dionisio Muñoz Jerez, Alcorcón spędził pierwsze trzydzieści lat w czwartej lidze i ligach regionalnych[2]. W debiutanckim sezonie 2000/2001 w Segunda División B zajęli 12. miejsce i spędzili cały sezon w środkowej części tabeli.
W sezonie 2008/2009 zajął trzecie miejsce w turnieju otwarcia i awansował do play-offów po raz pierwszy w historii. Pokonali UE Sant Andreu i CD Alcoyano, klub przegrał jednak z Real Unión Irún w finale.
2009-10 Copa del Rey
27 października2009 AD Alcorcón odniosła najważniejszą wygraną w historii klubu, pokonując niespodziewanie pierwszoligowcaReal Madryt 4–0 u siebie w pierwszej rundzie Pucharu Króla. Był to pierwszy mecz przeciwko drużynie takiego kalibru. W zespole Madrytu wystąpiło wielu gwiazdorów i reprezentantów drużyn narodowych. Formacja klubu wyglądała następująco: Dudek, Arbeloa, Albiol, Metzelder, Drenthe, Guti, Granero, Raúl, van der Vaart, Benzema i van Nistelrooy. Diarra, Gago i Marcelo pojawili się w drugiej połowie. W rewanżowym meczu 10 listopada Alcorcón przegrał z o wiele silniejszym składem Realu Madryt niż w pierwszym meczu, jednak tylko 1:0, co pozwoliło mu awansować do dalszej części rozgrywek.