Han var sønn av sysselmann og lagtingsmann Zacharias Nielsen og hustru Jacobina Jacobsen. Han var ugift. Han var exam.jur. fra 1889 og etterfulgte faren i stillingen som sysselmann på Vágar i 1893. I 1913 ble han utnevnt til sysselmann på Streymoy med bopel i Vestmanna.[1][2]
^Falk-Jensen, A. og Hjorth-Nielsen, H. (1957). «Nielsen, Joen Zacharias». Danske Jurister 1736–1936(PDF) (på dansk). III. København: I kommisjon hos G.E.C. Gad. s. 250.CS1-vedlikehold: Flere navn: forfatterliste (link)
^«Sysselmand Nielsen død». Dimmalætting (på dansk): 2. 5. desember 1928.
^«Sýslumaður Nielsen deyður». Tingakrossur (på færøysk): 2. 5. desember 1928.