Wilsemedaljen ble innstiftet i 1953 av Borgarsyssel Museum til minne om Østfolds første betydelige kulturforsker, Jacob Nicolai Wilse (1735–1801), sogneprest i Spydeberg og Eidsberg. Medaljen utdeles årlig til en person som på en «uegennyttig og idealistisk måte har arbeidet for vernet av den lokale kulturarv og fremmet interessen for denne, har drevet forskning innen Østfolds kulturhistorie, eller ydet det lokale kulturhistoriske arbeid særlig avgjørende støtte».
Selve medaljen preges i sølv og viser i aversen Wilses hode i relieff. På medaljen står det «For fortjenester av Østfolds kulturforskning». Reversen er preget med en krans, og her inngraveres navnet til den som er tildelt medaljen. Medaljen bæres i grønt bånd, og et diplom følger medaljen.
^abcSloreby, Beate (20. august 2019). «(+) Vil ha forslag til kandidater til Wilsemedaljen». Rakkestad Avis (på norsk). Besøkt 16. juni 2022. «Flere rakstinger har mottatt Wilsemedaljen opp gjennom årene, i 1970 gikk den til Svein Haugse, i 1993 til Ivar Filtvedt og i 2001 til Tore Stubberud.»
^Fortidsminnesforeningen Sarpsborg og Rakkestad (24. mai 2022). «Fortidsminneforeningen Sarpsborg og Rakkestad». www.facebook.com. Besøkt 16. juni 2022. «Søndag tok årets Wilsemedaljeutdeling sted på vakre Spydeberg prestegård. Tom Schmidt mottok medaljen for sitt arbeid med forskning på gårdsnavn i Østfold.»