Han var utdannet cand.mag., og skrev artikler for avisene allerede som student. I 1878 ble han redaktør i Fædrelandet i Kristiania, og i 1889 også avisens eneeier. Avisen anså seg selv som organ for de kirkelige interessene i det politiske liv i samtiden, og som en motsats til Bondevennenes organ Folketidende. I oppløpet til riksrettssaken i 1883/1884 agiterte Fædrelandet for dannelsen av moderat-konservative velgerforeninger, som i 1884 gikk sammen i partiet Høyre. I 1893 ble Fædrelandet slått sammen med Almuevennen til dagsavisen Landsbladet, hvor Aubert var redaktør frem til opphøret i juni 1911. Han døde et halvt år senere på Grefsen Sanatorium. Han var formann i Den Konservative Presses Forening fra 1901 til 1902.[3]
Han var gift med Sigrid Aubert (født Eriksen i 1847, død 1922). De var foreldre til Ida Roede, som var gift med musiker, kinodirektør og kunstsamler Halfdan Nobel Roede, og til diplomaten Ludvig Cæsar Martin Aubert.
^Saxe, Ludvig (1968). «Vilhelm Aubert, 1847–1911». I Pryser, Thoralf. Norske presseprofiler. I. Oslo: Aas & Wahls Boktrykkeri og Det Mallingske Boktrykkeri. s. 9–24.
