Landets jernbanenett er basert på meterspor, en standard for sporvidde som ble innført etter første verdenskrig da området var en britiskkoloni og kolonimakten la anleggene i Uganda inn i EARC. Etter nedleggelsen av EARC, har driften vært skadelidende på grunn av uro, borgerkrig og ineffektiv ledelse i landet. Bare den 8 kilometer lange linjen mellom Kampala og Port Bell og den 190 kilometer hovedbanen fra Kampala til den kenyanske grensen ved Tororo er nå i bruk.
De siste årene har utsiktene for det ugandiske jernbaneselskapet bedret seg. I 2001 ble det tildelt prisen Worldaware Business Award for å «bidra til økonomisk og sosial utvikling ved å tilby god, bærekraftig og miljøvennlig, komplementerende infrastruktur». Dokumentet Uganda Railways Update Report gir detaljert informasjon om ledelsens forbedringer.
Tanzania - ingen direkte forbindelser unntatt via togferje - samme sporvidde
Sørafrikansk engasjement
Lokomotiv fra den ugandiske selskapet URC på Kampala stasjon
I 2005 fikk det sørafrikanske konsortium|konsortiet Rift Valley Railways Consortium (RVRC) konsesjon til å drive både URC og selskapet Kenya Railways[1] i nabolandet.
Ifølge den opprinnelige tidsplanen skulle RVRC ta over driften 1. august 2006. 28. juli 2006 rapporterte East African Standard at overtakelsen var utsatt til 1. november 2006.[2] Overtakelsen fant sted i november og tidsrammen for avtalen er 25 år.[3]
Robert E. Mortensen, som har 30 års erfaring fra selskapet Conrail og som også ledet jernbaneutviklingsselskapet (Railroad Development Corporation) som drev med jernbaneutbygging i Mosambik og Malawi, var administrerende direktør i URC fra august 2006 til oktober samme år. Han ledet så den ugandiske delen av RVRC, Rift Valley Railways Uganda Limited som fikk jernbanekonsesjonen.
I oktober 2009 annonserte det australske selskapet Toll Holdings at det hadde inngått en avtale om å drive jernbanene i Kenya og Uganda og erstatte RVRC. Konsortiet hadde blitt kritisert for fallende godstrafikk i de to årene etter overtakelsen. RVRC på sin side hevder at nedgangen skyldes at infrastrukturen var i dårlig stand samt ødeleggelsene under opptøyene i Kenya 2007–2008. Etter overtagelsen ledes virksomheten av folk fra Tolls datterselskap, Patrick Defence Logistics.[4]
Kenyaopptøyene
Opptøyene medførte ødeleggelser som blokkerte og delvis ødela jernbaneforbindelsen mellom Kenya og Uganda. Dette fikk store økonomiske konsekvenser for Uganda som tapte inntekter og ble påført betydelige, finansielle tap.[5]
Andre hendelser
I 1989 drepte ugandiske regjeringssoldater 60 sivile i en massakre på Mukura jernbanestasjon.
