Han var en av kardinal Jaime Sins nære medarbeidere. Det var under kardinal Sin at den moderne filippinske katolske kirke nådde nye høyder av politisk innflytelse, og bidto til å avsette diktatoren Ferdinand Marcos i 1986, og likeledes Joseph Estrada, skuespilleren som ble politiker og president, i 2001.
I løpet av denne tiden ble Buhain utsatt for anklager om seksuelle og økonomiske misforhold, som han allebenektet. Han sa senere at kasdinal Sin hadde forhindret en skikkelig etterforskning fra å bli utført, og dermed ble han berøvet en tydelig renvaskelse.[3][4]
Pave Johannes Paul II lot ham trekke seg tilbake fra stillingen den 23. september 2003, mens det fortsatt verserte påstander om upassende forhold som involverte ham. Han anla senere et mislykket injuriesøksmål mot journalist Aries Rufo, som rapporterte om anklagene.[3]
