Han har utgitt en rekke vitenskapelige publikasjoner, vesentlig om sykdommer og helse hos skjell, skjellbiologi og -anatomi, fiskesykdommer og smittespredning i oppdrett. Han har også utgitt flere bøker, blant annet kokebøker med vekt på bruk av sjømat og bøker om marinbiologi.
Utgivelser
Mortensen, Stein og Fredrik Hald (2014): Sesongmat. Kom forlag ISBN 9788293191261
Stein Mortensen, Anne Berit Skiftesvik, Reidun Marie Bjelland, Egil Karlsbakk, Nina Sandlund (2015): Bruk av rensefisk i matfiskoppdrett. Fisken og Havet, særnummer p. 146-156
