Stefan Lindqvist slo gjennom som ung angrepsspiller hos Halmstad i siste halvdel av 1980-årene.
Med ambisjoner om spill i utlandet takket han i 1989 nei til IFK Göteborg og Malmö. På nyåret i 1990 betalte Neuchâtel Xamax omkring tre millioner kroner for å hente ham på tre års kontrakt. Oppholdet i Sveits ble ingen suksess for Lindqvist, som opplevde kampen om plass på laget for hard. Trener Roy Hodgson lot ham vende tilbake til hjemlandet der han våren 1991 skrev kontrakt med IFK Göteborg.
Hos IFK Göteborg tok han plass på midtbanen og ble etter hvert lagets kaptein.
Ferden gikk videre til Strømsgodset der han spilte syv kamper og scoret ett mål fra juni til september. Lindqvist fikk ikke forlenget oppholdet utover denne perioden.
IFK Göteborg ga ham ny kontrakt foran 1999-sesongen. Han rakk å spille én kamp i den svenske cupen før knærne sviktet igjen i mai. Med hele elleve kneoperasjoner bak seg ga han i august 1999 beskjed om at han måtte legge opp som fotballspiller i en alder av 32 år.[7]
Lindqvist ble diagnostisert med ALS i 2012. Han avgikk ved døden i 2020.
