Navnet «Stavropol» er en russisk transkripsjon av det greske ordet Σταυρούπολις (Stauroupolis), som betyr «korsets by». Navnet stammer fra en legende, som sier at soldater skal ha funnet et stort steinkors da de anla en festning her. Stauroupolis var forøvrig også navnet på et bispedømme i vestlige Lilleasia, men det har ingenting med den russiske byen å gjøre.
Aleksander I ønsket å styrke handelen i området, og inviterte i 1809 en rekke armenske familier til å slå seg ned i festningen.
Stavropol lå strategisk til i forhold til den russiske erobringen av Kaukasus, og i løpet av første halvdel av 1800-tallet ble den et viktig handelssted. Byen og området rundt ble eget bispedømme i 1843 og guvernement (provins) i 1847.